2006年伊始，胡锦涛总书记在全国科技大会上向广大科技工作者发出了“坚持走中国特色自主创新道路，为建设创新型国家而努力奋斗”的号召。4月21日，温家宝总理亲临重庆交通大学视察，对学校增强科技创新能力、更好服务三峡库区和交通建设提出了殷切期望。7月21日，交通部部长李盛霖在建设创新型交通行业工作会议上指出，科技创新是推动交通生产力发展的主导力量，要深入实施“科教兴交”战略，增强自主创新能力。

　　新的历史使命摆在了以交通学科为主干学科的重庆交通大学面前。作为一所已有55年办学历史，拥有3个博士点、27个硕士点、42个本科专业的多学科大学，我们必须牢固树立创新理念，努力提升创新能力，为建设创新型交通行业提供人才支持和智力保障。

　　一是努力培养具有创新精神和实践能力的高素质人才。学校紧密结合经济社会发展需要，努力建设一批教育教学思想和人才培养方案符合时代发展要求、得到社会认可的品牌专业，特别是在交通行业享有美誉的桥梁与隧道工程、港口海岸及近海工程、道路与铁道工程等专业；认真研究创新型人才培养的规律，努力建设有利于创新型人才成长的教育培养体系和有效机制；进一步加大社会实践基地建设，培养学生献身科学的品质、服务社会的责任以及敢为天下先的创新勇气。

　　二是以人为本，加强师资队伍和科技创新梯队建设。构建优秀的创新型科技人才培养体系和科技创新资助体系，加强科技创新和学术研究基本条件建设，完善以人为本的师资管理体制，构建与教师的学术水平、创新业绩相适应的分配激励和约束机制。进一步加大科技人才引进力度，形成衔接有序、层次分明、特色突出的科技创新梯队。从3个层面构建科技创新梯队，第一层面是培养拔尖学术带头人，提升学校核心竞争力，打造优秀创新研究群体；第二层面是依托学校重点学科建设，构建各学科方向的科研学术团队；第三层面是进一步发挥科技青年联合会的作用，构建一支新型青年科技创新生力军。

　　三是以市场需求为出发点，不断提升学校科技创新能力。学校结合区域经济社会及交通行业建设发展的特点，积极参加区域及交通行业重大项目的研发。按照交通部《公路水路交通中长期科技发展规划纲要（2006年-2020年）》和《重庆市中长期科学和技术发展规划纲要（2006年-2020年）》抓好创新项目，特别是在交通运输业、交通运输基础设施建设、汽车摩托车制造业等重点领域，加大学校优势学科建设力度。“十一五”期间，学校将在桥梁与隧道工程、港口海岸及近海工程、道路与铁道工程3个已建成的博士学科基础上，努力建成土木工程、水利工程、交通运输工程、管理科学与工程等4个一级博士学科。同时，学校将进一步加快科技成果转化，推进产学研深度合作，在科技创新中积极赢得政府及行业的支持